Ну, если учесть то неприглядное обстоятельство, что большая часть героев была внебрачными отпрысками ее мужа, понять, с чего она их невзлюбила, легко.
Кстати, к Энею она как-то особенно не относилась - не хуже, чем к остальным троянцам. Она их всех не любила.
Энея не любила Юнона - и за то, что он сын Венеры, и за то, что из-за него погиб ее любимый Карфаген
Urbs antiqua fuit (Tyrii tenuere coloni)
Karthago, Italiam contra Tiberinaque longe
ostia, dives opum studiisque asperrima belli;
quam Iuno fertur terris magis omnibus unam
posthabita coluisse Samo; hic illius arma,
hic currus fuit, hoc regnum dea gentibus esse,
si qua fata sinant, iam tum tenditque fovetque.
progeniem sed enim Troiano a sanguine duci
audierat, Tyrias olim quae verteret arces;
hinc populum late regem belloque superbum
venturum excidio Libyae: sic volvere Parcas.
id metuens veterisque memor Saturnia belli,
prima quod ad Troiam pro caris gesserat Argis
(necdum etiam causae irarum saevique dolores
exciderant animo; manet alta mente repostum
iudicium Paridis spretaeque iniuria formae,
et genus invisum et rapti Ganymedis honores)
Город древний там был — в нем из Тира выходцы жили,
Звался он Карфаген — вдалеке от Тибрского устья,
Против Италии; был он богат и в битвах бесстрашен.
Больше всех стран, говорят, его любила Юнона,
Даже и Самос забыв; здесь ее колесница стояла,
Здесь и доспехи ее. И давно мечтала богиня,
Если позволит судьба, средь народов то царство возвысить.
Только слыхала она, что возникнет от крови троянской
Род, который во прах ниспровергнет тирийцев твердыни.
Царственный этот народ, победной гордый войною,
Ливии гибель неся, придет: так Парки судили.
Страх пред грядущим томил богиню и память о битвах
Прежних, в которых она защищала любезных арги́вян.
Ненависть злая ее питалась давней обидой,
Скрытой глубоко в душе: Сатурна дочь не забыла
Суд Париса, к своей красоте оскорбленной презренье,
И Ганимеда почет, и царский род ненавистный.